疣根据发病部位分为寻常疣、跖疣、扁平疣、生殖器疣。

寻常疣可发生于身体的任何部位，但以手部为多，手外伤或水中浸泡是常见的诱发因素。典型皮损为黄豆大小或更大的灰褐色、棕色或皮色丘疹，表面粗糙，质地坚硬，可呈乳头瘤状增生。发生在甲周者称甲周疣；发生在甲床者称甲下疣；疣体细长突起伴顶端角化者称丝状疣，好发于颈、额、眼睑及腋下；发生于头皮及趾间的疣体表面常有参差不齐的突起，称指状疣。寻常疣可以自然消退，5年自然清除率可达90%。

跖疣为发生在足底的寻常疣，皮损初起为细小发亮的丘疹，渐增至黄豆大小或更大，因受压而形成淡黄或褐黄色胼胝样斑块或扁平丘疹，表面粗糙，界限清楚，边缘绕以稍高的角质环，去除角质层后，其下方有疏松的角质软芯，可见毛细血管破裂出血而形成的小黑点，若含有多个角质软芯，称为镶嵌疣。患者可自觉疼痛，也可无任何症状。

扁平疣为扁平隆起性丘疹，多见于儿童和青少年，好发于颜面、手背及前臂。典型皮损为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑，质硬，正常肤色或淡褐色，多骤然出现，数目较多且密集。搔抓后皮损可呈串珠状排列，即自体接种反应或称Koebner现象。病程慢性，多自行消退，少数患者可复发。

生殖器疣男性好发于包皮、冠状沟、龟头、尿道口，女性好发于阴唇、阴道、宫颈、尿道口、肛周。初起为细小的淡红色丘疹，逐渐增大、增多，融合成乳头瘤样、鸡冠样、蕈样或菜花样赘生物，呈白色、红色或污灰色，质地柔软，表面湿润，根部常有蒂。一般无自觉症状，偶有瘙痒，继发感染时可有疼痛。